Врач-дерматовенеролог. В 1921 г. поступил в Бакинский университет, медицинский факультет которого окончил в 1926 г., и был оставлен ординатором в кожной клинике. Участвовал в научно-лечебной экспедиции руководимой профессором М.А. Членовым по борьбе с пеллагрой в Западной Грузии, после чего написал кандидатскую диссертацию на тему «Материалы к изучению пеллагры».
В 1932 г. был принят по конкурсу аспирантом кожной клиники II Московского медицинского института. В 1934 - 1936 гг. работал ассистентом кожно-венерологической клиники 1 Московского медицинского института имени И.М. Сеченого, руководимой профессором Г.И. Мещерским. С 1905 по 1968 г. консультант Московского областного кожно-венерологического диспансера. В 1936 г. стал по конкурсу доцентом кожно-венерологической клиники МОКИ-Мед.ВУЗА. В 1939 г. во II Московском медицинском институте защитил докторскую диссертацию на тему «Биологический метод лечения мягкого шанкра и пиодермитов». В 1941 г. утвержден в звании профессора. В 1941 г. по конкурсу был избран заведующим кафедрой кожных и венерологических болезней Ивановского медицинского института. Во время Великой Отечественной войны одновременно служил в эвакогоспитале.
В 1945 г. В. Я. Арутюнов стал по конкурсу директором клиники кожных болезней Московского областного научно-исследовательского института (МОНИКИ) им. М. Ф. Владимирского. С 1948 по 1950 г. он работал начальником отдела по борьбе с кожными и венерическими болезнями Министерства здравоохранения СССР. В 1948 г. под редакцией В.Я. Арутюнова были изданы разработанные Ученой комиссией единые схемы лечения сифилиса, гонореи, мягкого шанкра, которые сыграли важную роль в снижении заболеваемости заразными формами сифилиса. За время работы Вардана Яковлевича в МОНИКИ под его редакцией были выпущены 4 монографии, 4 сборника научных трудов областных врачей, опубликовано около 400 научных трудов областных врачей. С 1965 по 1968 г. - консультант Московского областного кожно-венерологического диспансера.
С 1966 г. В.Я. Арутюнов заведовал отделом Московского научно-исследовательского института косметологии Министерства здравоохранения РСФСР. За период работы в Институте косметологии под его редакцией изданы методические письма, сборник научных трудов «Актуальные вопросы косметологии». С 1968 г. заведовал отделом физиологии и патологии кожи Московского НИИ косметологии Минздрава РСФСР Под руководством В.Я. Арутюнова подготовлены и защищены 13 кандидатских и 1 докторская диссертация. Многогранный опыт замечательного дерматолога отражен более чем в 250 научных работах, 10 монографиях, 3 руководствах, которые служат практическими пособиями для сельских врачей и врачей-дерматологов.
Его монографии: «Гемодермии», «Аллергические васкулиты кожи», «Красная волчанка», «Гнойничковые заболевания», «Материалы к изучению пеллагры», «Актуальные вопросы косметики», работы по ретикулезу, порфириновой болезни, грибковым заболеваниям и др. содержат много нового. Много работ ученого опубликовано в зарубежной периодической печати. Он был избран почетным членом Чехословацкой медицинской ассоциации им. Пуркинье, Югославского медицинского общества, Польского медицинского общества, Московского, Ивановского, Подольского и других дерматологических обществ.
Вардан Яковлевич — основоположник Московского областного дерматологического общества, около 10 лет он был его бессменным председателем. В.Я. Арутюнов обладатель трех дипломов по изобретательству от Комитета Совета Министров СССР. Он участник международных конгрессов по дерматологии в Чехословакии, Румынии, съездов и конференций в нашей стране. Много внимания уделяет ученый подготовке научных кадров. Многие из его учеников (PC. Бабаянц, Н. Д. Шеклаков, И. А. Алеутский, А. И. Введенский Б. А Беренбейн и др.) заведовали кафедрами или отделами в научно-исследовательских, и лечебно-практических учреждениях.
Вардан Яковлевич был превосходным популяризатором медицинских знании: его научно-популярные лекции и статьи в журналах «Здоровье», «Фельдшер и акушерка», «Медицинская сестра», «Сельская жизнь», а также популярные брошюры пользовались большим успехом. Под его руководством защищено 16 докторских и кандидатских диссертаций, некоторые его ученики стали профессорами.
В. Я. Арутюнов много лет состоял членом правления и председателем Московского дерматологического общества, заместителем председателя правления, членом президиума Российского дерматологического общества, членом правления Всесоюзного дерматологического общества, заместителем редактора журнала «Вестник дерматологии и венерологии», много лет работал в экспертной комиссии ВАК. Много сил В.Я. Арутюнов уделял организационной работе - с 1948 по 1950 гг. он возглавлял отдел по борьбе с кожными и венерическими болезнями Минздрава СССР, был главным дерматовенерологом Главного управления здравоохранения Мособлисполкома. Вардан Яковлевич был искусным врачом, пользовался заслуженным авторитетом коллег и пациентов. Он был награжден орденом Ленина и медалями.