Академик АМН СССР (1965), лауреат Государственной премии СССР (1982). В 1961-1973 гг. возглавлял отдел патоморфологии МОНИКИ и одновременно Институт морфологии человека АМН СССР, который в это время находился в 13-м корпусе МОНИКИ, заведующий патолого-анатомическим отделением МОНИКИ.

Научные труды посвящены в основном гистопатологии нервной системы, патологической анатомии инфекционных заболеваний, цитологии, военной и географической патологии. Им предложен оригинальный метод импрегнация фосфорно-молибденовым серебром центральных миелиновых волокон и описаны у них перехваты узелков (1939). В мозговом стволе им описаны клетки, дающие начало трансфасцикулярным волокнам (1944), дано первое описание мезоглиобластом, возникающих у детей из эмбриональных микроглиобластов (1936).

Экспериментально доказал гормональную зависимость некоторых опухолей мозга и показал их различия по содержанию полового хроматина (1960), сформулировал основные положения теоретической нейроонкологии (1963) и ввел понятие о предглиоме (1963). Исследуя сыпной тиф и другие риккетсиозы, он описал ценный диагностический признак сыпного тифа — конъюнктивальную сыпь (симптом Киари-Авцына), предложил адреналиновую пробу для ее выявления (1942) и установил ангиопаралитическое действие токсина риккетсий Провацека (1946).

Исследовал патологическую анатомию огнестрельного остеомиелита, инфекционно-алиментарной дистрофии раненых, анаэробной инфекции плевры, столбняка, раневого сепсиса, осложнений огнестрельных ран. Ряд основополагающих работ А. П. Авцына посвящен географической патологии, а также цитологии. Им показаны принципиальные возможности отнесения основных закономерностей общей патологии к патологии клетки и в цитофармакологии; описан характер ультраструктурных изменений органов при ряде экспериментальных воздействий и инфекций.

Вошел в состав экспертов ВОЗ для создания новой классификации онкологических заболеваний головного мозга. Обосновал и развил новые научные направления – географическую патологию и цитофармакологию.

См.также в Wikipedia