Гистолог, один из основоположников московской школы гистофизиологии. Окончил медицинский факультет Московского университета (1859). Стажировался в европейских университетах (1862–1863). Доктор медицины (1862). Экстраординарный профессор кафедры физиологии Московского университета: а) систематической, б) экспериментальной (1865–1869), ординарный профессор кафедры эмбриологии, гистологии и сравнительной анатомии (1869–1891) медицинского факультета. Заслуженный профессор Московского университета (1891). Почётный член ОЛЕАЭ (1883). Работал консультантом в прозектуре Старо-Екатерининской больницы.

Область научных интересов: изучение электрических органов рыб. Тема докторской диссертации «Об отношении блуждающих нервов к сердцу». Читал лекции по физиологии в МГУ. Основные труды: «Бактериологическое исследование воздуха и воды Московских городских больниц и университетских клиник». В 1926 г. его имя присвоено московской Старо-Екатериненской больнице.

В 2001 г. был открыт памятник А. И. Бабухину перед зданием Медицинского института Орловского государственного университета. Послужил прототипом главного героя повести А.П.Чехова «Скучная история».

См.также в Wikipedia